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日本脳炎ウイルスの感染で起こります。ヒトから直接ではなくブタなどの体内で増えたウイルスが蚊によって媒介され感染します。ヒトからヒトへの感染はありません。
７～１０日の潜伏期間の後、高熱、頭痛、おう吐、意識障害、けいれんなどの症状を示す急性脳炎になります。感染者のうち１００～１，０００人に１人が脳炎等を発症しますが、髄膜炎や夏かぜ様の症状で終わる人もいます。
脳炎にかかった時の死亡率は約２０～４０％ですが、神経の後遺症を残す人が多くいます。
流行は西日本地域が中心ですが、ウイルスは北海道など一部を除く日本全体に分布しています。予防接種の普及などで発生は減少していますが、最近では予防接種を受けていない高齢者を中心に発生しています。

生年月日により接種期間、接種間隔が異なりますのでご注意ください。

予防接種後健康状況調査（厚生労働省）の集計によれば、37.5℃以上の発熱は、１期初回の翌日に最も多く、接種した部位の腫れなどの局所反応も接種翌日が比較的多く、回数では２期での発生が最も多くなります。

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